Berlin 1943. To unge kvinner møtes på en kafé. Det skal forandre livet for dem begge på skjebnesvangert vis.

Lilly har fire små sønner, soldatmann ved fronten og strever med å holde livet sammen i krigshverdagen. Mørke, vakre Felice er et spennende nytt bekjentskap, og ganske snart utvikler vennskapet seg til kjærlighet: De to kvinnene forelsker seg vilt i hverandre. Felice flytter inn hos Lilly, og under bomberegnet over Berlin blomstrer kjærligheten. Lilly får kjærlighetsnavnet "Aimée" (elsket), Felice kalles "Jaguar" for sin djervhet og fryktløshet.

Men Jaguar lever på lånt tid: Hun er jøde og har ikke lykkes å komme ut av Tyskland. SS henger som en mørk skygge over deres lykke, og en sommerdag i 1944 er leken med katten slutt - Felice sendes til Theresienstadt. Hun skal aldri komme tilbake.

Lilly Wust ventet i nesten 50 år før hun fortalte sin historie til journalisten Erica Fischer. "Aimée og Jaguar" er en historie om krig og kjærlighet. Men det er også en dokumentasjon over jødene i dekning i Berlin og nazistenes nitide arbeid fram mot "die Entlösung": utslettelsen.